En mars 1936, en plein Front populaire, la réunification de la CGT et de la CGTU lors du «congrès de Toulouse» relance le vieux débat sur l'adhésion ou pas du SNJ à la CGT. Eugène Morel est alors convaincu «qu'aller à la CGT», selon sa propre expression, serait l'occasion d'accroître la puissance du syndicat des journalistes et d'assurer le triomphe de leurs revendications[4]. Mais beaucoup de partagent pas son avis. Pour eux, l'affiliation du syndicat à la Confédération des travailleurs intellectuels, en 1920, traduisait à la fois le sentiment de n'être pas des manuels et la volonté d'exister à côté d'eux[4].
Un troisième référendum sur la question de l'affiliation à la CGT, après ceux 1919 et 1926, tranche à nouveau dans le même sens: 57% des adhérents se déclarent en faveur du maintien de l'indépendance. Mais les minoritaires décident de rejoindre quand même la CGT, avec le système de «la double appartenance»: les journalistes confédérés restent d'abord des adhérents du SNJ, mais cotisent, en plus, à la CGT. Avec son collègue Maurice Harmel (Le Peuple), Jean-Maurice Hermann, secrétaire général du SNJ, Daniel Mayer, Charles Boullay-Duparc (Le Petit Parisien), Jean Guignebert (Radio-Cité) ils créent ainsi en mars 1938[5] le Syndicat national des journalistes CGT, dont il est trésorier général.
En , il reconstitue le SNJ-CGT, qui rassemble environ 2 500 membres, devient son secrétaire général. À la fin de l'année 1944, des contacts sont noués avec les anciens militants du SNJ, et aboutissent à la création du «SNJ reconstitué», qui naît en 1945 de la fusion du SNJ et du SNJ-CGT. Les 1 200 adhérents du SNJ de 1927 et les 1 800 de 1934 étaient devenus plus de 4 100. Eugène Morel en prend la direction.
Mais ce «SNJ reconstitué» doit se scinder en 1948, une majorité décidant de ne pas rester à la CGT après la scission de FO[5]. De nombreux adhérents du SNJ jugent en effet ce nouveau contexte peu conforme à leur choix d'un syndicalisme ouvert à tous, par delà les opinions de chacun. Eugène Morel est alors président du SNJ jusqu'en 1950, lorsque Jean Lepeltier lui succède[5].
