Depuis 2001, Rutagarama s'est constamment engagé dans ses efforts de conservation, contribuant à la facilitation d'initiatives de collaboration mondiale visant à sauvegarder le Rift Albertin Central, une région connue pour la diversité de sa flore et de sa faune, y compris l'habitat naturel des gorilles de montagne des Virunga. Eugène a également occupé des postes importants à la Wildlife Conservation Society, au centre de recherche Karisoke du Dian Fossey Gorilla Fund et à l'agence des parcs nationaux du Rwanda, après la guerre et le génocide de 1994. Actuellement, Eugène travaille comme conseiller principal en conservation à Wild Earth Allies, où il se concentre sur la préservation des habitats des gorilles en encourageant le développement communautaire[2]. Deux ans après avoir reçu le prix Goldman, Rutagarama a pris le poste de directeur du Programme international de conservation des gorilles (PICG). Il a occupé ce poste pendant neuf ans.
En 2012, Rutagarama a été nommé conseiller technique principal de la Greater Virunga Transboundary Collaboration, une organisation intergouvernementale créée par la République démocratique du Congo, le Rwanda et l'Ouganda avec l'aide du PICG[3],[4].
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