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L'équipe féminine du FC Ebolowa est créée en , en reprenant les fondations du FC NYMA[2]. Dès sa première saison, elle obtient sa promotion en première division en battant le Lekié FF[3].
Le club recrute Oudou Kpoumie, entraîneur ayant remporté sept fois le championnat avec les Louves Minproff, en 2022[4]. En 2023-2024, le FC Ebolowa décroche son premier titre en remportant le championnat du Cameroun. Emmené par Flora Kameni, meilleure buteuse de la saison avec 26 réalisations, le club devance le Lekié FF à la différence de buts particulière[5]. Le club se qualifie pour le tournoi qualificatif de la Ligue des champions africaine 2025[6].