Fabien Magnan commence la pratique du rugby à XV dès l'âge de 6 ans[2], formé en Savoie avec les clubs du Rugby Club motterain, à la La Motte-Servolex[3], ainsi qu'avec l'équipe voisine du SO Chambéry[2], avec laquelle il évolue jusqu'en équipe première, participant au championnat de Fédérale 1 pendant la saison 2006-2007[2].
Il rejoint ensuite le club de l'US bressane, avec lequel il atteint le niveau professionnel, disputant la Pro D2 lors de la deuxième saison en 2008-2009[2],[4].
Il signe avec la Section paloise pour le compte de la saison 2009-2010[2]. Après seulement quatre titularisations et une blessure mettant prématurément fin à sa première saison dans le Béarn[5], Magnan n'entre plus dans les plans des entraîneurs, et quitte le club après une année. Il rejoint alors le FC Auch[2].
Pendant sa carrière, il évolue autant du côté gauche que droit de la première ligne[2],[4].
Magnan quitte le FC Auch en 2014, relégué en Fédérale 1, pour rejoindre l'US Dax, signant un contrat de deux saisons plus une optionnelle, évoluant ainsi toujours en Pro D2[6].
Il quitte néanmoins les Landes après une année, faisant alors son retour en Savoie dans son club formateur, le SO Chambéry[7]. Il joue par la suite dans les clubs voisins de l'US Annecy et du Rugby Club motterain[8].
En 2020, il reprend la pratique du rugby, intégrant le FC Aix-les-Bains pour la fin de la saison 2019-2020[9] ; il rempile par la suite[9] pour un total de trois saisons supplémentaires[8].
