Promu par les Athletics au poste de directeur des opérations baseball en 2010[5], il devient assistant du directeur-gérantBilly Beane le [6]. Son patron, Beane, lui donne le crédit pour avoir convaincu le club d'engager Yoenis Céspedes[6],[7], un athlète cubain mis sous contrat par Oakland en février 2012 après que Zaidi eut étudié ses statistiques à Cuba pour tenter de prédire ses performances dans un environnement différent et plus compétitif, celui du baseball majeur[8].
Le , Farhan Zaidi est engagé comme directeur-gérant des Dodgers de Los Angeles. Il passe ainsi d'une franchise notoire pour ses modestes revenus à celle, les Dodgers, qui possède en 2015 une masse salariale de 256 millions de dollars US, la plus élevée du baseball majeur[1].
