Fidèle Agbatchi devient prêtre le . Après son ordination, il rejoint le séminaire de Djimè en tant qu'enseignant. En , il entre à l’Institut biblique pontifical de Rome. Il en ressort en titulaire d'une licence en exégèse biblique. À son retour au Bénin, il enseigne l’Évangile et la philosophie au séminaire Saint-Gall de Ouidah. En 1992, il se rend à la Congrégation pour la Doctrine de la Foi à Rome.
