Son père, Andreas Karma, travaillait dans l’administration coloniale néerlandaise, puis il a exercé des fonctions identiques après que les Indonésiens ont pris le contrôle de la Papouasie occidentale. Son cousin Constant Karma était l’adjoint du gouverneur de Papua.
Filep Karma a étudié les sciences politiques à l'université de Solo, plus tard il a travaillé en tant que fonctionnaire de l'Éducation nationale à Jayapura. De 1997 à 1998 il vivait à Manille, ayant reçu une bourse. Après son retour à Indonésie il a rejoint le mouvement séparatiste papouasien. Il participé à une grande manifestation à Biak en . Celle-ci a été férocement réprimée le par les forces militaires indonésiennes qui ont tué, torturé, violé et mutilé un grand nombre de personnes[2]. Filep Karma, blessé lors de cet événement, a été arrêté et est resté emprisonné jusqu’au .
En il a été condamné à six ans et six mois de prison, proclamé coupable de trahison. Cependant, son appel a été accepté et il a été libéré le .
Le , Filep Karma a participé à une nouvelle cérémonie de lever du drapeau papou, à la date anniversaire du départ des néerlandais de Papouasie occidentale. La police l'a arrêté sur le lieu de la cérémonie et l'a par la suite inculpé de «rébellion».
Le , le tribunal de district de Jayapura a déclaré: «Filep Karma coupable de sédition et de conspiration en vue de sédition, ainsi que d'infractions à l'ordre public» (affaire n° 21/PID/2005/PT.JPR, ). Il a été condamné à quinze ans d'emprisonnement, une peine trois fois supérieure à celle réclamée par le procureur. La Haute cour de Jayapura et la Cour suprême indonésienne ont confirmé le verdict le et le , respectivement.
Amnesty International l'a adopté comme prisonnier d'opinion et mène des campagnes en faveur de sa libération.
