Fondé en sous le nom Boca Juniors Gibraltar, en hommage au club argentin de Boca Juniors[1],[2], l'équipe première intègre le championnat de deuxième division lors de la saison 2012-2013. Lors de ses premières saisons, le club enchaîne les places en milieu de tableau avant d'atteindre le podium à l'issue de la saison 2016-2017 et de remporter la compétition la saison suivante, lui permettant de découvrir la première division pour la première fois de son histoire lors de la saison 2018-2019. Il parvient par la suite à se maintenir lors des deux saisons qui suivent en terminant à chaque fois dixième.
Après l'annonce d'un changement de propriétaire au cours de l'été 2020, la première partie de l'exercice 2020-2021 voit Boca se rendre coupable de plusieurs violations relatives à l'alignement de joueurs formés au pays, amenant à deux défaites techniques[3]. Confronté de plus à des problèmes financiers avec notamment des salaires impayés, les joueurs du club refusent de jouer les rencontres du début du mois de , ce qui le force à déclarer forfait et amène finalement à son exclusion de la compétition le [4].