Caruana est d'abord nommé membre de la commission du gouvernement établi par les Français. Mais il démissionne rapidement, en opposition avec certaines décisions et devant les pillages d'églises par les troupes du commandement du général Claude Henri Belgrand de Vaubois.
Quand l’insurrection gagne toute la population maltaise, la plupart des forces maltaises improvisées se rassemblent sous l'autorité d'Emmanuel Vitale sauf les bataillons de Żebbuġ et Siġġiewi qui sont dirigées par Francesco Saverio Caruana. Il n'est pas le seul prêtre impliqué militairement contre les Français puisqu'à Gozo, l'archiprêtre Saverio Cassar parvient à faire expulser les troupes françaises et à diriger la petite île de Gozo de façon indépendante pendant 3 ans.
Un gouvernement provisoire (l'Assemblée Nationale) est instauré qui siège à la Banca Giuratale de Mdina le . Ce gouvernement demande de l'aide étrangère et finalement, la flotte britannique qui vient de gagner la bataille navale d'Aboukir le arrive en renfort à Malte, accompagné d'Alexander Ball. En raison de la rivalité entre Vitale et Caruana, c'est finalement Alexander Ball qui devient le président de l'Assemblée. Un congrès national est alors organisé, composé des chefs de village et de prêtres.
Après l'expulsion des troupes françaises en 1801, l'archipel maltais passe sous protectorat britannique.
Évêque de Malte sous la domination britannique
En 1822, Caruana est désigné comme archidiacre de la cathédrale et en 1829 il est nommé administrateur diocésain à la mort de Mgr Ferdinando Mattei. Deux ans plus tard le pape Grégoire XVI le nomme évêque de Malte et successeur de Mattei. Il est consacré le par Publio Maria Sant qui deviendra son successeur en 1847[1]. L'évêque Caruana meurt en 1847 à l'âge de 88 après 16 ans passés à la tête du diocèse de Malte.
