Né à Strasbourg le , Francis Boespflug y fait des études de droit. Il y programme également avec Fabienne Vonier, dont il deviendra l’époux, le cinéma indépendant Le Club, qui appartient au réalisateur Louis Malle. Au début des années 1980 il travaille aux côtés du producteur Jack Gajos à la mise en place de l’Agence Pour le Développement Régional du Cinéma. Il rejoint ensuite la distribution de films chez UGC puis auprès de Marin Karmitz chez Mk2 aux acquisitions (qu'il rejoint avec Fabienne Vonier, qui dirige la distribution).
En 2009 il quitte Warner Bros. et retourne chez Gaumont en tant que conseiller de la directrice générale Sidonie Dumas. En parallèle il crée sa propre société de productions, F.B. Productions, en 2011[1].
En 2013 à la mort de Fabienne Vonier il reprend la tête de Pyramide[2].