Il crée un cours d'anatomie privé à Charterhouse Square, mais, selon les mots du British Medical Journal, son «grand succès en tant que professeur provoqua beaucoup de jalousie et, en 1825, donna naissance au Conseil du Collège des chirurgiens adoptant une résolution refusant de recevoir des certificats d'enseignants autres que reconnus[1]. La taille de la classe de Kiernan diminue à mesure que les étudiants partent. Les appels au Conseil pour annuler sa décision, en raison de la capacité et des compétences de Kiernan en tant qu'enseignant, sont rejetés [1].
En 1843, il est élu membre du Royal College of Surgeons et siège à son conseil à partir de 1850. Après une seule année en tant que vice-président (1864-1865), il refuse d'être nommé pour des raisons de santé[5], ayant subi un accident vasculaire cérébral paralytique en 1865 dont il ne se remet jamais complètement [2].
Il meurt célibataire à son domicile de Manchester Street, Manchester Square, Londres, le soir du Nouvel An 1874 [7] et est enterré au cimetière catholique romain de Mortlake, Londres.
