En 1992, le gouverneur du Chihuahua, Francisco Barrio Terrazas (PAN), le nomme procureur général (Procurador General de Justicia), poste qu'il conserve quatre ans. Il est alors nommé par le président Ernesto Zedillo, sur suggestion du procureur général du MexiqueAntonio Lozano Gracia, à la tête de l'Instituto Nacional de Combate a las Drogas (INCD), devenant ainsi tsar de la lutte anti-drogue. Il demeure seulement huit mois à ce poste, remplacé par le général Jesús Gutiérrez Rebollo, qui sera arrêté dès 1997 pour corruption et liens avec le crime organisé.
La nomination d'un général à la tête de l'INCD signalait l'implication croissante des forces armées mexicaines dans la lutte anti-drogues, ce que Francisco Molina déclarera en être une grave erreur, celles-ci étant également infiltrées par les cartels de la drogue[2]. En , le général Gutiérrez Rebollo avait en effet été arrêté pour corruption, et sera condamné à plus de 70 ans de prison, notamment pour avoir aidé le cartel de Juárez.
En 1997, Molina Ruiz est élu sénateur de la République sur les listes du PAN pour la 55elégislature, mandat achevé en 2000. Après l'élection de Vicente Fox à la présidence en 2000, qui met fin à la domination du Parti révolutionnaire institutionnel (PRI), il est nommé coordinateur de justice et de sécurité de l'équipe de transition du nouveau président. Il est ensuite nommé fonctionnaire en chef (Oficial Mayor) du Secrétariat de la Fonction publique.
