Il est élu en député à l'assemblée du district de Mitte et y prend la présidence du groupe des élus de la CDU. En , il achève son cursus à la HWR et reprend le travail dans le secteur privé jusqu'en .
Après qu'une motion de censure ait renversé Diepgen au profit du social-démocrate Klaus Wowereitcinq mois plus tard, il devient directeur de cabinet de Frank Steffel, président du groupe CDU à la Chambre des députés.
Parlementaire
Au cours des élections législatives locales anticipées du , il est justement élu député. Il est aussitôt désigné secrétaire général adjoint du groupe parlementaire chrétien-démocrate, qui siège à présent dans l'opposition.
Au mois de , le président de la CDU de Berlin Ingo Schmitt le désigne pour exercer les fonctions de secrétaire général. À peine quatre mois plus tard, il est également désigné secrétaire général du groupe parlementaire. Il est porté en à la présidence de la section du parti dans le quartier de Berlin-Mitte.
À l'occasion d'une réunion du groupe parlementaire le , les députés votent une motion de défiance envers leur président, Friedbert Pflüger, et choisissent Henkel pour le remplacer. Face à cette révocation inattendue, Schmitt remet sa démission. Après un intérim assuré par Joachim Zeller, Frank Henkel est élu le , à 45 ans, président de la CDU de Berlin. Son ascension est favorisé par Diepgen, qui profite de son statut de président d'honneur du parti dans la ville.
Élections locales de 2011
Le , il est investi chef de file de l'Union chrétienne-démocrate pour les élections législatives locales du . Dans une interview donnée au journal berlinois Der Tagesspiegeldeux jours plus tard, il accuse le bourgmestre-gouverneur Klaus Wowereit de «n'avoir aucune envie de gouverner» la ville-Land, de «faire preuve d'arrogance et d'indifférence face aux problèmes des Berlinois» et lui reproche la décision de fermeture de l'aéroport de Tempelhof«sans projet de remplacement». Il affirme également qu'une coalition avec l'Alliance 90 / Les Verts (Grünen) sera «difficile» du fait de leur chef de file Renate Künast[1].
Sénateur pour l'Intérieur
Le jour du scrutin, la CDU remporte 23,3% des voix et 39 députés sur 149. Bien que Wowerait ait assuré dans la campagne qu'il ne pouvait constituer de majorité avec les chrétiens-démocrates, il finit par composer une «grande coalition». Le , quatre jours après le vote d'investiture du bourgmestre-gouverneur, Frank Henkel est nommé à 48 ans bourgmestre et sénateur pour l'Intérieur et les Sports dans le sénat Wowereit IV. L'alliance est confirmée à la suite du remplacement de Wowereit par Michael Müller en .
