En 1787, il rejoint la compagnie de théâtre d'Emanuel Schikaneder, avec laquelle il a chanté le rôle exigeant d'Osmin dans l'opéra de Mozart L'Enlèvement au sérail ainsi que d'autres rôles. En 1789, la troupe est venue s'installer au Theater auf der Wieden à Vienne. Gerl a participé à un système de composition collective utilisé par la troupe de Schikander, dans lequel les Singspiele ont été produits rapidement grâce à la collaboration de plusieurs compositeurs. C'est ainsi que Gerl peut avoir composé l'aria «Ein Weib ist das herrlichste Ding», que Mozart a utilisé pour écrire l'ensemble de huit variations pour piano, K. 613 (il est possible cependant que le compositeur soit un autre compositeur-chanteur de la troupe, Benedikt Schack).
Mozart s'est peu à peu impliqué dans les activités de la troupe de Schikaneder, ce qui a abouti à son opéra La Flûte enchantée (1791), sur un livret de Schikaneder. Gerl a créé le rôle de Sarastro et a continué à chanter ce rôle dans de nombreuses représentations tout au long de 1792. Il a quitté la troupe de Schikaneder en 1793.
La carrière ultérieure de Gerl l'a conduit à Brno et Mannheim, où il s'est retiré en 1826. Il est mort dans cette ville le .
Il devait avoir une impressionnante tessiture de basse. Branscombe (1991) note que les notes très basses que Mozart a attachées au rôle de Sarastro ont fait depuis «le désespoir de nombreuses basses».
Électorat de Bavière
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Grand-duché de Bade
