Il commande ensuite la place de Besançon jusqu’en juillet 1799.
Nommé Président d'un Conseil de guerre de la cinquième division militaire à Strasbourg en nivose an 8 (), Desnoyers est à ce moment-là général de brigade à la deuxième division active de l'armée du Rhin[3]. En , Desnoyers est toujours général commandant dans le Haut-Rhin.
Il est mis en non-activité le et admis à la retraite le [4].
En 1804, au retour d'un voyage en Pologne, il est arrêté et détenu pendant plusieurs années dans différentes prisons entre autres celle du Temple.
A la Restauration, Desnoyers est réintégré dans l'armée le avec le grade de maréchal de camp, puis de nouveau mis en non-activité le de la même année.
↑Registre de Baptêmes (1753-1760) de la paroisse catholique de Saint-Pierre-le-vieux à Strasbourg, feuillet 120, page 65/245.
↑Archives municipales de Toulouse, cote 1E8, vue 42 et 43.
↑Service historique de la Défense. Centre historique des archives. Document cote GR 2J 57.
↑Georges Six., Dictionnaire biographique des généraux et amiraux français de la Révolution et de l'Empire., Paris, Georges Saffroy., , 614p., Tome 1, page 341.
↑Archives de Paris, acte de décès reconstitué, cote 5 Mi1 1184, page 10/51.