Les 26 et , cette assemblée détruit les fondements de l'Ancien Régime en Savoie et exprime le vœu d'être rattaché à la France. Favre est choisi pour faire partie de la délégation des députés savoyards envoyés devant la Convention nationale pour demander le rattachement à la République. Le 27 novembre 1792, l'annexion devient effective.
En , Favre est élu maire d'Annecy et occupe cette fonction jusqu'à la séparation de la Convention trois ans plus tard[1].
En , Favre est choisi comme député du nouveau département du Mont-Blanc, par 170 voix sur 307. Il siège au Conseil des Cinq-Cents[1] sans se rallier clairement à un parti. Il rédige un rapport sur la revente des biens nationaux dont les adjudicataires ont émigré, est membre de plusieurs commissions. Personnage relativement effacé, il parvient tout de même à se faire élire secrétaire du Conseil. Ses bons offices lui permettent d'être réélu jusqu'à la fin du Directoire.
Après le Coup d'État du 18 brumaire, Favre obtient de Bonaparte la sous-préfecture d'Annecy. Il occupe cette fonction jusqu'en 1802, date à laquelle il retourne à la vie privée. En 1815, il retrouve sa place au barreau[1].
François Favre meurt bien plus tard, le [1], à l'âge canonique de 98 ans. Il lègue «la plus grande partie de sa fortune aux hospices» (Mugnier)[1].
