Avec l'invasion allemande de la Bohème et de la Moravie, le , Fred Taussig et son frère Tommy Taussing, en tant que Juifs, ne peuvent plus fréquenter les écoles publiques de Prague. La famille quitte la capitale et se réfugie à la campagne. Elle adopte le nom de Terna au lieu de Taussig. En 1941, leur fausse identité est découverte et la famille est déportée.
D' à , Fred Terna est interné au camp de travaux forcés de Lipa[4]. Il est ensuite déporté à Theresienstadt, où il retrouve brièvement son père. À l'automne de 1944, il est déporté à Auschwitz. À la fin de 1944, il est déporté à Kaufering, un sous-camp de Dachau. Il est libéré par l'armée américaine le [1]. Il est hospitalisé alors pendant plusieurs mois.