À la mi-, Waldersee retourne à l'état-major général et six mois plus tard reçoit un commandement de troupe. Il devient chef de bataillon au régiment de fusiliers de la Garde et à ce titre est promu lieutenant-colonel le . À ce titre, il dirige avec succès son unité en 1866 dans les batailles de Königinhof et de Sadowa contre les Autrichiens. Pour cela, Waldersee reçoit la croix de chevalier de l'ordre de la maison royale de Hohenzollern avec épées.
Le , Waldersee se marie avec Laura von Knoblauch (1836-1904), fille de Friedrich Wilhelm von Knoblauch (1798-1852) et Pauline von Bardeleben (1811-1884) à Pessin. Le mariage donne naissance aux fils Georg (1860-1932) et Franz Georg Kurt Eduard (1862-1927).