Georgios Merkouris naît à Athènes dans une famille politique importante, fils de Spyrídon Merkoúris , longtemps maire d'Athènes , et frère de Stamatis Merkouris (en) , qui finira par devenir un homme politique de gauche. Il étudie le droit et les sciences politiques à l'université d'Athènes, ainsi qu'à Paris. Pour son premier engagement politique, il est élu député en 1915 et reste en fonction jusqu'en 1929 .
Durant l'été 1917, il est exilé par les Français et les vénizélistes en Corse , d'où il revient après la fin de la Première Guerre mondiale et la victoire électorale des anti-vénizélistes. Il est ministre de l'alimentation et du ravitaillement dans le cabinet de Pétros Protopapadákis de mai à août 1922 . Il devient ensuite ministre de l'économie nationale dans le cabinet d'Aléxandros Zaïmis de décembre 1926 à août 1927 . Il est également délégué de la Grèce auprès de la Société des Nations , en 1927.
Georgios Merkouris est réélu au parlement, en septembre 1932 , et nommé vice-président du Parti populaire qu'il quitte en novembre après un désaccord avec son dirigeant Panagís Tsaldáris . En décembre, il fonde le Parti national-socialiste grec . Merkouris représente le parti au Congrès international fasciste de Montreux , les 16 et 17 décembre 1934 . Il fait partie des adhérents les plus germanophiles du mouvement autoritaire, corporatiste et anticommuniste, largement orienté vers le fascisme italien. Il sert d'intermédiaire entre la Grèce et l'Allemagne nazie . Le Premier ministre Ioánnis Rállis (pendant l'occupation de l'Axe ) le nomme gouverneur de la Banque nationale de Grèce , en janvier 1943 .
Georgios Merkouris meurt d'une crise cardiaque à Athènes en décembre 1943 , à l'âge de 57 ans.
La femme politique grecque Melina Mercouri (1920 - 1994) était sa nièce.