Gonzalo Aemilius est né à Montevideo le . Ses parents n'étaient pas des catholiques pratiquants et l'une de ses grand-mères était juive. Il grandit dans une famille de classe moyenne et fréquente une école catholique à Montevideo.
Arrivé à l'âge adulte, il découvre sa vocation pour une carrière religieuse et est ordonné prêtre le .
Il a été nommé directeur du Lycée du Jubilé Jean-Paul II(es) en 2005. Sa contribution a été vitale pour le développement de cette institution catholique romaine consacrée à l'éducation des enfants pauvres.
Pendant qu'il y travaillait, le pape François, alors archevêque de Buenos Aires, apprit son travail et lui téléphona périodiquement pour en discuter, à partir de 2006.
À la fin de l'année 2012, il est envoyé dans la paroisse de Puntas del Manga pour prendre une nouvelle mission.
Le , alors que le pape François s'apprêtait à célébrer la messe à l'église Sainte-Anne au Vatican, il a reconnu Aemilius dans la foule et l'a invité à y assister. À l'issue de la célébration, il l'a présenté à l’assistance et a demandé des prières pour soutenir son travail.
Il dit à l'Osservatore Romano le lendemain: «Il m'a appris à prendre le meilleur de chaque individu, aussi différent qu'il soit des autres, et à le mettre à profit pour le bien de tous.»
La famille d'Aemilius avait financé son voyage à Rome parce qu'elle connaissait sa relation avec le pape François. Après quelques jours sous les feux des projecteurs à Rome, il retourne en Uruguay y poursuivre sa mission.
Le , le pape François nomme un jeune prêtre, Daniel Pellizzon, compatriote argentin, comme nouveau secrétaire particulier. Celui-ci prend ses fonctions au Vatican, à la place de Gonzalo Aemilius, le suivant[4].
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