Partant de l'ancien fort de Fort William, le Great Glen Way suit les rives du Loch Linnhe jusqu'à Corpach où débute le canal calédonien. Passés les huit écluses de l'escalier de Neptune, qui surélèvent le niveau du canal à 19,2 m au-dessus du niveau de la mer, le sentier suit les chemins de halage du canal jusqu'au Loch Lochy où il s'enfonce dans la forêt sur sa rive ouest avant de rejoindre le canal à l'écluse de Laggan. Une variante ici est une excursion vers l'un des munros environnants.
Le sentier emprunte ensuite le chemin de halage jusqu'au pont tournant de Laggan où il traverse l'A82 puis rejoint la rive est du Loch Oich en suivant le tracé d'une ancienne ligne de chemin de fer avant de reprendre le chemin de halage jusqu'à Fort Augustus.
De Fort Augustus, le sentier monte dans la forêt, s'éloignant du canal et des lochs. Après une étape optionnelle à Invermoriston, il rejoint le village de Grotaig et redescend à travers la forêt de Clunebeg jusqu'aux rives du River Coiltie et au pont de Borlum. Passant par Drumnadrochit, village consacré au tourisme lié à Nessie, le Great Glen Way remonte à travers la forêt qu'il serpente jusqu'à son arrivée à Inverness.