Le projet initial est proposé par la Fondation Solomon R. Guggenheim en 2011. Son coût est de 130 millions d'euros à la charge des collectivités, avec des frais de gestion annuels prévus de 14,5 millions d'euros et une licence de 23,4 millions d'euros à payer à la fondation Guggenheim. Ce projet rencontre une forte opposition et il est refusé au conseil municipal d'Helsinki en 2012.
En , la fondation Guggenheim propose un projet remodelé, où les frais de licences ne seraient pas à la charge de la collectivité, avec des coûts de gestion moindre de 10%. En , le conseil municipal réserve un emplacement pour le musée dans le Port du sud. En , un concours d'architecture est lancé: il reçoit 1 715 propositions, mais seuls 6 finalistes sont retenus en . Le , le cabinet Moreau Kusunoki est retenu, utilisant du bois traité à la manière du Yakisugi[1].
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