Le , Pozzo est à nouveau nommé secrétaire de la commission Ecclesia Dei par le pape François. Son retour à ce poste apparait comme une volonté de s'appuyer sur un expert reconnu pour piloter les délicates relations avec le monde traditionaliste[3].
Le , la commission pontificale Ecclesia Dei est supprimée et ses attributions sont reprises pas la congrégation pour la doctrine de la foi[5]. Le même jour, la Chapelle musicale pontificale est rattachée à l'Office des célébrations liturgiques du Souverain Pontife et il en est nommé surintendant à l'économie[6],[7].
