Gísli Jónsson naît en 1515 à Akureyri[1]. Gísli Jónsson est le fils du pasteur Jón Gíslason de Hraungerði, dans le district de Flói, au sud de l'Islande. Il suit d'abord sa scolarité chez Ögmundur Pálsson à Skálholt. Pour poursuivre ses études, il se rend en Allemagne, où il découvre le christianisme évangélique luthérien et en devient un adepte.
Son épouse est Kristín Eyjólfsdóttir, avec qui il a de nombreux enfants, dont certains deviennent pasteurs, comme Stefán, qui reçoit la riche paroisse d'Oddi[2].
À partir de 1538, il devient pasteur à Skálholt, où il défend la Réforme. À partir de 1546, il est pasteur à Selárdalur, dans l'Arnarfjörður. En raison de conflits avec Jón Arason, l'évêque catholique de Hólar, qui l'accuse de blasphème, de propagation de croyances erronées et de résistance aux lois de l'Église dans le cadre de la Contre-Réforme, Jónsson s'enfuit au Danemark. En 1551, après l'exécution de Jón Arason, il revient en Islande et à Selárdalur. En 1556, il est élu évêque de Skálholt et ordonné en 1558.
Gísli, fervent défenseur du luthéranisme et traduit de nombreux textes afin d'en promouvoir la diffusion en Islande. Il publie un livre de psaumes en 1558.