Le nom Hamilton Heights vient de l'un des Pères de la révolution américaine, Alexander Hamilton, qui vécut deux ans dans le quartier, dans l'actuel Hamilton Grange National Monument[1].
La plus grande partie des habitations date de l'extension du métro aérien à la fin du XIXe et au début du XXe siècle[1]. Ces logements assez élégants devinrent moins désirables aux résidents blancs originels au cours des années 1930 puis des années 1940 lorsque la population, jusque-là majoritairement Blanche, vit l'arrivée de nombreuses familles Noirs, même si ces nouveaux résidents noirs étaient aussi riches que leurs prédécesseurs. La renaissance des Brownstones dans les années 1960 puis 1970 conduisit à un retour des classes moyennes afro-américaines dans le quartier. Les Latinos arrivèrent en masse dans les années 1980, pour la plupart des Dominicains. La Gentrification, depuis 2005, a fortement augmenté la part de blancs non hispaniques dans le quartier, de même que celle de la population gay et asiatique.