Haplogroupe R2
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| Date d'origine | Peut-être le 27 000 avant J.C |
|---|---|
| Place d'origine | Asie centrale ou Asie du Sud |
| Ancêtre | Haplogroupe P |
| Descendants |
R2a (M124); R2b (FGC21706) |
| Mutations définies | M479 |
L'haplogroupe R2, ou R-M479, est un haplogroupe du chromosome Y caractérisé par le marqueur génétique M479. Il est l'un des deux principaux descendants de l'haplogroupe R (R-M207), l'autre étant R1 (R-M173).
Le gène R-M479, et plus particulièrement son variant R2a (R-M124), est géographiquement concentré en Asie du Sud, en Asie centrale et dans certaines régions du Moyen-Orient depuis la préhistoire[1]. Le gène R2 (à l'exclusion de R2a) semble atteindre ses niveaux les plus élevés chez le peuple Burusho du nord du Pakistan[2].
R2 a des taux d'échantillonnage beaucoup plus faibles que son homologue R1[3] avec 399 branches en aval de R-M479, contre 46 529 pour R-M173.
Elle comporte deux branches principales : R2a (M124) et R2b (R-FGC21706).
Répartition géographique
- R (M207/Page37/UTY2)
- R1 (M173/P241/Page 29)
- R2 (M479/PF6107, L266/PF6108, L722, L726)
- R2a (M124, F820/Page4, L381, P249)
- R2a1 (L263)
- R2a2 (P267/PF6109)
- R2b (FGC21706, FGC50198, FGC50325, FGC50333, SK2163, SK2164, SK2165, SK2166)
- R2b1 (FGC50339)
- R2a (M124, F820/Page4, L381, P249)
Source : ISOGG 2017.
La plupart des recherches se sont limitées à la détection des allèles R-M479 (R2) et R-M124 (R2a), ou des SNP situés en aval de M124 (comme P249, P267, L266, PAGES00004 et L381). L'autre branche principale, R2b (R-FGC21706), ayant été découverte plus tardivement que R2a, sa recherche est souvent négligée. De ce fait, la plupart des résultats sont décrits comme R2(xR2a).
De plus, relativement peu de recherches ont été menées en Asie du Sud, région pourtant connue pour présenter la plus forte concentration de R2. (Par conséquent, les chiffres cités dans le tableau de droite peuvent ne pas refléter les fréquences réelles ; le Pakistan est le seul pays d'Asie du Sud à y figurer.)
En 2013, R2(xR2a) a été trouvé chez 5 des 19 hommes de la minorité Burusho du nord du Pakistan[2].
R2a (R-M124)
L'haplogroupe R2a (R-M124) est caractérisé par le SNP M124, F820/Page4, L381 et P249 et se rencontre principalement en Asie du Sud, avec des fréquences plus faibles en Asie centrale, au Moyen-Orient et dans le Caucase[1]. On le retrouve également dans plusieurs populations juives : les juifs irakiens, les juifs persans, les juifs des montagnes et les juifs ashkénazes[4].
R2b (R-FGC21706/ R-FGC50231)
On le trouve principalement dans le sous-continent indien. Sur FTDNA, la plus grande fréquence de personnes testées positives au R-FGC50231 provient du Pakistan (2 % des tests), ainsi que d'autres pays importants comme l'Inde, l'Afghanistan et le Tadjikistan[5],[6].
Arbre phylogénétique
Description du SNP M479
| Marqueur de nom commun | M479 |
|---|---|
| Haplogroupe YCC | R-M479 |
| Changement de nucléotide | C à T |
| taille de l'amplicon (pb) séquence de référence | 323 |
| Position du polymorphisme à partir de l'extrémité 5' | 107 |
| Variante d'enzyme de restriction | HPI |
| ID RefSNP | - |
| Position Y | 19294055 |
| Amorce avant 5'-3' | gatactttatcaggcttacttc |
| Amorce inversée 5'-3' | aaccaaatctctcagaatcg |
