Le nom de genre Hebecarpa proviendrait de Hébé: «déesse grecque de la jeunesse» et carpa de «carpos »: fruit. L'épithète costaricensis pour «en provenance du Costa rica»[3].
L'espèce a été initialement classée dans le genre Polygala sous le basionymePolygala costaricensis Chodat[2] ou Polygala antillensis dénommée en français Estrée de Saint-Pierre.