Née le à Sfax, Hend Zouari est issue d'une famille de musiciens réputés: son père a accompagné les plus grands chanteurs tunisiens, son oncle occupe les fonctions de doyen à l'Institut supérieur de musique de Sfax (ISMS) et son frère Zied est l'un des meilleurs violonistes du pays[1].
En 1992, elle commence l'étude du qanûn, habituellement réservé aux hommes[2], puis intègre l'ISMS[3]. En 2004, elle reçoit une bourse pour poursuivre ses études à Paris, où elle obtient un doctorat en musicologie à la Sorbonne en 2012[3].
En , Zouari participe au Congrès français d'acoustique à Marseille où elle présente, aux côtés de Jean-Marc Chouvel, Laurent Quartier et Laurent Fabre, un projet de qanûn augmenté[4].
On lui donne le surnom de «princesse du qanûn»[1],[2].
