Fils d'un modeste batelier[3], Henri Victor Clément Lefort est admis à l'École polytechnique en 1864. À sa sortie, il fait carrière dans l'arme du Génie.
Il épouse en 1869 à Metz Élisabeth Adèle de Brye, fille de Ferréol Clément de Brye et Françoise Adeline Thérèse Charuel.
Lors de la guerre de 1870, il est fait prisonnier de guerre lors de la Bataille de Sedan et est promu capitaine pendant sa captivité en Allemagne. A son retour, il participe à la répression de l'insurrection de Bordeaux en .
Chef de bataillon en 1884, il est nommé officier d'ordonnance du Ministre de la Guerre en 1887. L'année suivante, il est affecté au ministère de la Guerre au sein du 1er Bureau (chargé des effectifs), où il est successivement promu lieutenant-colonel en 1889 puis colonel en 1893. Devenu chef de ce service ministériel le , Lefort le quitte pour servir comme chef de corps du 5e régiment du génie le .
