En 1860, il retourne à Rochester où il est professeur à l'Université de Rochester jusqu'en 1865. À Rochester, il fonde Ward's Natural Science, une entreprise pionnière en son genre, qui collecte des spécimens de toutes les régions du monde, puis les monte[C'est-à-dire?] et les vend à des collèges et des musées.
Il publie Notices of the Megatherium Cuvieri (1863) et Descriptions of the Most Celebrated Fossil Animals in the Royal Museums of Europe (1866).
En 1897, il épouse une veuve, Lydia Avery Coonley(en), (1845-1924), présidente du Chicago Woman's Club en 1895-96, qui écrit Under the Pines, and other Verses (1895); Singing Verses for Children (1897); Love Songs (1898)[2],[3].
Il meurt le , après avoir été heurté par une automobile à Buffalo, New York[4] devenant le premier décès lié à l'automobile de Buffalo. Ses cendres reposent au cimetière Mount Hope dans une niche de son monument en granit. Elles seront volées par la suite. Son monument est surmonté d'un bloc erratique glaciaire qui présente des inclusions de jaspe. Il avait découvert ce rocher au nord de la Baie Georgienne, Ontario, Canada. Le cerveau de Ward a été apporté à la Wilder Brain Collection de l'Université Cornell.
