Henry est le cadet d'une famille de dix enfants, son père John est agriculteur[1]. De constitution plutôt fragile, il n'est guère utile aux travaux de la terre et se passionne très vite pour la lecture[1]. Ce que remarque assez vite le pasteur de Sherborn, le révérend Brown, qui suggère l'idée de l'envoyer étudier[1]. Malgré la mort prématurée de son père et grâce à l'aide de Brown, il entre, lors de sa dix-huitième année, au Harvard College de Cambridge ou il obtient son Bachelor en 1785[1]. Il commence à enseigner à la Public Grammar School de Cambridge et poursuit son étude de la théologie et obtient son doctorat[1]. En 1787, il est ordonné pasteur de la première paroisse de Hingham[2]. Il est élu, en 1805, professeur de la Hollis Chair du Harvard College, ce qui déclenche une controverse entre les unitariens et les calvinistes orthodoxes, comme Jedidiah Morse[3]. Dans les années 1820, il s'engage dans un échange de pamphlets avec le calviniste Leonard Woods[4]. Il participe à la création de la Harvard Divinity School et au développement de l'unitarisme avant de prendre sa retraite en 1840, en raison de problèmes de santé[3]. Son fils, Henry Ware, Jr., devient à son tour professeur de théologie à la Harvard Divinity School en 1830[1].
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