Né à Nuremberg, il passe son enfance et son adolescence à Francfort dans le quartier de Höchst qui est à l'époque une municipalité indépendante. Il sort du lycée en 1917 et s'engage au front. Parallèlement, il songe à sa vocation et une fois libéré étudie la théologie au séminaire de Fulda jusqu'en 1922. L'heure de l'appel semble-t-il n'a pas encore sonné, car il décide ensuite d'aller à l'université de Francfort étudier l'histoire et la philosophie. Il obtient son doctorat en 1928. Il devient journaliste, puis bibliothécaire à la bibliothèque publique de Francfort.
Il est professeur dans une école privée de Marktbreit dont il doit démissionner en 1938 à cause de son manque d'adhésion au national-socialisme.
C'est en 1940, en pleine guerre, qu'il s'engage à nouveau dans des études de théologie à l'abbaye bénédictine Sainte-Odile, puis lorsque l'abbaye est fermée par les autorités en , au séminaire de Freising. Il est ordonné en . C'est déjà un opposant de longue date à l'idéologie néopaïenne du national-socialisme. L'abbé Hermann Josef Wehrle - il a déjà quarante-trois ans - devient vicaire à la paroisse du Saint-Sang de Munich, dans le quartier de Bogenhausen. Il est aimé pour son zèle discret et il est en relation avec Alfred Delp.
Le , l'un de ses paroissiens, le commandant Ludwig von Leonrod, l'interroge sur la justification morale et théologique du tyrannicide. Celui-ci faisait en effet partie du cercle d'officiers hostiles à Hitler, réunis autour du comte Claus von Stauffenberg. Troublé le prêtre trouve néanmoins dans son Lexikon für Theologie und Kirche (encyclopédie catholique théologique utilisée à cette époque par les ecclésiastiques germanophones), la justification que cela ne peut être un péché.
L'attentat contre Hitler rate le . L'abbé Wehrle est arrêté le , ainsi que l'avait été plus tôt le commandant von Leonrod[1]. Il est transféré en train à Berlin et condamné par le Volksgerichtshof à la pendaison. Il est exécuté le jour même du jugement, le à la prison de Plötzensee.
