Hubert Desjoyeaux naît le à Concarneau. Il est l'un des fils du constructeur naval Henri Desjoyeaux, cofondateur de l'école de voile Les Glénans, et le frère du navigateur Michel Desjoyeaux[1].
Il crée en 1984 avec Jean Le Cam, Gaëtan Gouerou et l'architecte Marc Van Peteghem, le chantier naval CDK Technologies à Port-la-Forêt, et en est le directeur. Il complète ensuite ce chantier avec la création d'une filiale à Lorient, Keroman Technologies, spécialisée dans les grosses unités[1],[2],[3].
Parmi ses réalisations, on compte des multicoques Formules 40 (catamarans de 12 mètres) dans les années quatre-vingt mais aussi le trimaran Poulain d'Olivier de Kersauson[2], Foncia, le monocoque avec lequel Michel Desjoyeaux a remporté le Vendée Globe 2008-2009[4] et le maxi-trimaran Banque populaire V, voilier conçu pour les records en équipage[5]. Il a également participé à la réalisation du Macif de François Gabart, vainqueur du Vendée Globe 2012-2013.
Il meurt le à Quimper[6].