5e de la lignée des sires de Vergy, il succède à son père, Guy de Vergy. La famille est censée descendre d'HenriIer duc de Bourgogne, frère de HuguesIer Capet: HenriIer, qui n'a pas de descendant légitime et a adopté le fils issu du premier mariage de sa première femme, Gerberge(en), avec AubertIer d'Italie, aurait eu deux fils naturels. Il s'agirait de:
Eudes de Beaune († apr. ), vicomte de Beaune, d'où descend la lignée des vicomtes de Beaune (selon Albéric de Trois-Fontaines);
Henri de Vergy († av. 1023). Cette paternité est suggérée par Jean Richard qui se base sur le transfert de la seigneurie de Vergy d'Humbert (~1000 † ), fils d'Henri de Vergy, à Jean de Beaune († apr. 1053) fils d'Eudes de Beaune. Selon Richard, ce transfert indique une relation de famille proche et il pense que ces deux personnes sont cousins au premier degré. Mais Jean a acquis Vergy plusieurs années avant la mort d'Humbert, ce qui suggère un échange ou une vente plutôt qu'un héritage; par ailleurs l'héritier naturel de Vergy aurait été Geoffroy, comte de Mâcon, fils d’Élisabeth, sœur d'Humbert.
Le duc HuguesIII de Bourgogne lui conteste son droit de seigneurie en mettant le siège devant la citadelle de Vergy.
En 1186, Hugues de Vergy fait appel au roi PhilippeII de France, qui porte l'ost en Bourgogne pour défendre son vassal. Le duc de Bourgogne est condamné à payer 30 000 livres parisis en dédommagement de ses nombreuses exactions et à livrer 3 châteaux en garantie jusqu'au paiement. Hugues de Vergy est confirmé dans sa seigneurie de Vergy, qu'il abandonnera au roi de France en remerciement de son intervention.
PhilippeII se garde le droit de seigneurie sur les terres de Vergy. HuguesIII de Bourgogne se révélant dans l'incapacité financière de payer l'amende pour libérer ses châteaux, dédommager les églises qu'il avait pillé et Hugues de Vergy pour les dommages qu'il avait causé sur ses terres, PhilippeII lui fait grâce des 30 000 livres parisis et lui rend ses châteaux.
Hugues de Vergy avait épousé en 1175 Gillette de Traînel (1160 † 1224), fille de GarnierII de Traînel et d'Elisabeth/Adèle de Marigny. Ils ont eu ensemble:
- Guy († apr. avr. 1241), qui épouse en Flore d’Antigny (fille de Philippe seigneur d’Antigny et de sa femme Elisabeth)?
- Agnès de Vergy († ~1261 ou au plus tard en oct. 1268), dame de Beauffremont par son premier mariage avec Pierre de Beauffremont, fils de LiébautIII, seigneur de Bauffremont et de sa femme Isabelle de Reynel, puis comtesse de Ferrette par son second mariage avant 1256 avec UlricII († 1er fév. 1275), comte de Ferrette, fils de FrédéricII comte de Ferrette et de sa deuxième femme Edwige von Urach, séparé d'Elisabeth de Bourgogne-Comté, la belle-sœur d'Agnès;