De retour au Cambodge, il poursuit une carrière militaire, jusqu’à devenir commandant en chef des armées.
En 2023, son père Hun Sen prépare une succession dynastique du pouvoir à son profit. Fin , après s'être fait désigner comme candidat du parti à un nouveau mandat de Premier ministre, il obtient ainsi du Parti du peuple cambodgien (CPP) la nomination unanime de son fils comme «futur Premier ministre» sans toutefois préciser à quel moment la passation de pouvoir aura lieu[1],[2].
Une semaine avant les élections législatives cambodgiennes de 2023, le Premier ministre annonce qu'il transférera le pouvoir à son fils au plus tard un mois après les élections, tout en assurant vouloir maintenir son influence dans la vie politique cambodgienne en restant notamment président du CPP[3]. Il est nommé par décret royal le [4]. Il reçoit la confiance de l'Assemblée nationale le , et entre en fonction le jour même avec son gouvernement[5],[6].
Malgré ses promesses de vouloir renforcer la démocratie au Cambodge et d'oeuvrer en faveur de l'État de droit dans le pays, depuis son accession au pouvoir en Hun Manet est régulièrement accusé par les organisations internationales de protection des droits humains d'avoir drastiquement durci les libertés fondamentales dans le pays. Human Rights Watch, dans un rapport publié en , accuse ainsi l'actuel Premier ministre cambodgien d'avoir renié ses promesses initiales, notamment en recourant au système judiciaire à des fins politiques. Dans son rapport annuel de 2025, HRW documente ainsi une campagne systématique de répression contre l'opposition politique, les journalistes, les syndicalistes ainsi que les défenseurs de l'environnement[8].