Hélène Kaplan est la fille de Venedikt Miakotine(en). Cet historien et homme politique socialiste russe devenu opposant à la révolution d'Octobre et au gouvernement bolchevik, fut arrêté à plusieurs reprises puis expulsé en 1922 de l'URSS. Hélène Miakotine naît à Prague en 1928. Son père, après avoir vécu entre Berlin et Prague devient professeur à Sofia, en Bulgarie[1] et meurt en 1937. Elle quitte ce pays en 1947 pour rejoindre sa sœur à Alger. Elle s'établit ensuite à Paris où elle obtient une licence d'histoire-géographie et une autre de russe. Elle soutient 1955 un mémoire sur Byzance et les slaves au temps d’Andronic II et d’Andronic III en vue de l'obtention du diplôme d’études supérieures. Elle travaille ensuite en tant que traductrice et à la bibliothèque de l’École des langues orientales de 1959 à 1961. Elle travaille au CNRS au sein du groupe d'études bizantines de Paul Lemerle de 1962 à 1965[1].
Elle a créé en 1985 avec Jean-Charles Szurek et Sonia Combe le groupe de recherche «Mémoire grise à l’Est» afin de documenter l'histoire des sociétés du monde soviétique[2]. Elle joué un rôle international important, à partir de la perestroïka et jusqu'aux années 2010, pour l’ouverture politique, documentaire et intellectuelle de l'ancien bloc communiste[1].