Tandis que son frère Jacob avait écrit le Sefer ha-Orah, Le Livre de la lumière, Isaac développe une Kabbale séfirotique où l’origine des forces du mal occupe une place importante. Dans son Traité sur l'émanation gauche (aẓilut) apparaît, pour la première fois, la conception d’une émanation négative, du « côté gauche » de la divinité, d’où procèdent les puissances maléfiques[1]. « Ce thème court à travers tous les écrits de Isaac ben Jacob ha-Cohen », selon Gershom Scholem[3], et est un thème nouveau parmi les kabbalistes. Il influencera les auteurs du Sefer Ha Zohar.
On observe également dans son œuvre une tendance à dresser de longues listes d’êtres qu’il situe « en dessous du royaume des sefirot. « Ces émanations du second rang sont décrites comme « rideaux » (pargonim) devant les émanations séfirotiques, comme des « vêtements » des âmes intérieures des sefirot[3]. « Ainsi, pour chaque d’en bas existe une force correspondante dans le monde d’en haut.
L’œuvre Isaac ben Jacob ha-Cohen constitue l’un des exemples les plus remarquables de l’école kabbalistique castillane du XIIIe siècle, parce qu’elle permet, en particulier, d’observer comment « une Kabbale entièrement nouvelle a pu se forger en même temps de la première, comme si chacune s’exprimait sur un plan différent », selon Gershom Scholem sefirot[3].
Isaac paraît être aussi l'auteur d'autres textes sous des noms d'emprunt, dont le Pseudo-R. Eleazar Responsum et le Pseudo-R. Réponse de Yehushiel[4].
