En , Ishimoto est accepté dans la 1repromotion de l'académie de l'armée impériale japonaise et commence des études de génie militaire. Il met immédiatement son savoir en application lors de la rébellion de Satsuma. Par la suite, de 1879 à 1882, il est envoyé comme attaché militaire en France où il achève ses études de génie et d'artillerie à l'école spéciale militaire de Saint-Cyr. Il retourne au Japon pendant un an, puis est de nouveau envoyé à l'étranger de 1883 à 1887 comme attaché militaire en Italie. De retour au Japon, il gravit rapidement les échelons. Il est promu colonel en 1895, Général de brigade en 1897, et devient instructeur de génie militaire, d'abord à l'académie de l'armée impériale japonaise, puis à l'école militaire impériale du Japon, et travaille comme chef d'une section du corps des ingénieurs de l'armée. Ses connaissances et savoir-faire attirent l'attention du général Terauchi Masatake, qui le nomme chef d'État-major durant la guerre russo-japonaise. Il est promu Général de division en 1904[1].
Après la guerre, Ishimoto reçoit le titre de baron (danshaku) selon le système de noblesse kazoku.
En 1911, Ishimoto est nommé ministre de la Guerre dans le gouvernement de Saionji Kinmochi[2]. Il existe à l'époque une querelle entre l'armée qui réclame deux divisions d'infanterie supplémentaires, et le gouvernement qui affirme qu'il n'y a pas suffisamment d'argent dans le budget pour cela. Ishimoto meurt en fonction à 61 ans, en laissant la dispute non résolue. Sa tombe se trouve au temple Tenno-ji à Tokyo.
La femme d'Ishimoto était la fille du général Adachi Shotarō. Ils ont plusieurs enfants. Leurs second et cinquième fils deviendront également généraux dans l'armée et seront tués durant la Seconde Guerre mondiale.
(en) Leslie Conners, The Emperor's adviser: Saionji Kinmochi and pre-war Japanese politics, London/Oxford, Routledge Kegan & Paul, , 260p. (ISBN0-7099-3449-1)
(en) Yoshitake Oka (trad.du japonais), Five Political Leaders of Modern Japan: Ito Hirobumi, Okuma Shigenobu, Hara Takashi, Inukai Tsuyoshi, and Saionji Kimmochi, Tokyo, University of Tokyo Press, , 232p. (ISBN0-86008-379-9)
(en) Trevor N. Dupuy, Encyclopedia of Military Biography, I B Tauris & Co Ltd, (ISBN1-85043-569-3)
(en) J. Charles Schencking, Making Waves: Politics, Propaganda, And The Emergence Of The Imperial Japanese Navy, 1868-1922, Stanford (Calif.), Stanford University Press, , 283p. (ISBN0-8047-4977-9)