Isidore Dumortier étudie d'abord la langue vietnamienne à Saïgon, puis il est nommé vicaire à Caïmon. Il en devient le curé en 1912. Il demeure vingt-six ans dans ce secteur éloigné, parcourant tout le district.
Après la mort de Victor Quinton en , Isidore Dumortier est nommé évêque titulaire (in partibus) de Lipara(de) et vicaire apostolique de Cochinchine occidentale, dont le siège est à la cathédrale de Saïgon. Il s'occupe entre autres de la formation des religieux et des religieuses, notamment de la congrégation des Amantes de la Croix fondée spécialement pour les vocations locales. Il invite les Frères des écoles chrétiennes à continuer de s'occuper de l'institution Taberd à Saïgon et de nombreuses autres congrégations d'Europe, pour fonder des écoles, des dispensaires, des crèches, des maisons de charité, etc.
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