En 1923, le temple est de nouveau reconstruit sous le nom Shoren-ji (称蓮寺?), puis est renommé Izu Kokubun-ji en 1954. Des fouilles archéologiques menées en 1956 ont mis au jour les fondations de la porte du sud, de la porte centrale, du kon-dō et du bâtiment de lecture ainsi que les fondations du cloître qui les entoure. À l'extérieur du complexe principal, huit pierres de fondation de la pagode originale du kokubun-ji de l'époque de Nara sont découvertes, immédiatement derrière le hon-dō du temple. L'endroit est désigné «site historique national» le .
