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Frey se présente aux élections du conseil municipal de Minneapolis en 2013 pour représenter la 3e circonscription de la ville. Il reçoit l'aval des démocrates-agriculteurs-travaillistes, ainsi que l'approbation de plus de 40 élus et organisations. Il bat la titulaire Diane Hofstede avec plus de 60% des voix et prend ses fonctions le .
En tant que membre du conseil municipal, Frey se concentre sur le logement abordable, la politique environnementale, la réglementation du lieu de travail et l'accès au vote.
En 2016, Frey rédige une ordonnance obligeant les pollueurs à payer des frais en fonction de la quantité de pollution qu'ils produisent. Les frais sont utilisés pour soutenir les améliorations des entreprises vertes. Depuis le lancement du programme, les émissions liées au changement climatique ont considérablement diminué. Frey et la ville de Minneapolis ont été honorés lors de la Conférence américaine des maires de 2018 pour le succès du programme.
Frey participe à la rédaction de l'ordonnance du Conseil sur les congés de maladie payés de 2016 et de l'ordonnance sur le salaire minimum de 2017. Il est l'un des premiers membres du conseil à soutenir une ordonnance sur le salaire minimum. Frey est l'auteur de l'amendement à l'ordonnance sur le salaire minimum qui accordait aux petites entreprises une application progressive plus longue que les grandes entreprises pour la mise en œuvre du salaire minimum.
En tant que président du comité des élections du conseil, Frey dirige l'effort de passer une ordonnance obligeant les propriétaires à fournir aux locataires des informations sur l'inscription des électeurs. L'ordonnance sert de modèle national, des villes comme Seattle et St. Paul lui emboîtant le pas. Un juge du tribunal de district fédéral a par la suite invalidé l'ordonnance comme inconstitutionnelle. Frey a également dirigé les efforts visant à étendre l'accès au vote anticipé à Minneapolis avant les élections de 2016, augmentant le nombre de sites de vote anticipé à Minneapolis de un à cinq.
Maire de Minneapolis
Le , Jacob Frey dépose sa candidature pour le poste de maire de la ville[1]. Le suivant, il est élu avec 57,2% et entre en fonction le [2].
En , Frey déploie des réformes de la politique du corps de police du département de police de Minneapolis. Le premier budget que Frey utilise en tant que maire est axé sur le logement abordable. Son allocation de 40 millions de dollars pour le logement abordable est le triple de ce que la ville dépensait auparavant pour le logement.
Lors des élections du , il est réélu pour un troisième mandat en remportant plus de 50% des suffrages au dernier tour du vote préférentiel face à Omar Fateh, candidat de l'aile gauche du Parti démocrate[5].