Jaime Sanjust est nommé gouverneur du Paraguay le par décret royal de Buen Retiro. À cette époque, il détient le grade de colonel au service de la Couronne espagnole. Il entre en fonction à son arrivée à Asunción le [2],[3].
Il mène avec succès une expédition dans la province du Chaco, en collaboration avec les gouverneurs de Tucumán et de Buenos Aires, et tente d'établir la paix avec les populations autochtones de cette région. Il envoya également une autre expédition contre les Portugais qui avaient avancé vers Ygatimí. En 1751, une nouvelle campagne militaire contre les Payaguás se solde par une victoire, assurant la paix pour cinq ans. Cependant, il ne peut empêcher les incursions des Mbayás qui attaquent Curuguaty.
Durant son mandat, il encourage la culture du tabac noir avec l'aide de colons portugais venus du Brésil, et celui-ci devient rapidement une importante source de revenus au Paraguay. Il fonde également les villes de Belén et de San Estanislao avec le prêtre jésuite Francisco Sánchez Labrador y Hernández. La guerre des Guaranis a également lieu durant son mandat, suite à la signature du traité de Madrid entre l'Espagne et le Portugal en 1750.
Par autorisation royale, le gouverneur de Buenos Aires, Pedro de Cevallos, nomme le capitaine José Martínez Fontes pour lui succéder, tandis que Sanjust doit prendre le gouvernement de Potosí. À l'arrivée de Fontes, ses fonctions prennent fin le [4].