Envoyé en 1657 à Londres pour y défendre les intérêts des Resolutioners, il soutient la restauration de la monarchie, mais aussi la restauration de l'épiscopat en Écosse, contre les thèses presbytériennes qu'il avait pourtant défendues.
Après la restauration de Charles II, il retourne à Saint Andrews dont il est nommé l'année suivante évêque et primat d'Écosse (1661). Devant la résistance presbytérienne, il réprime les thèses covenantaires et applique en 1669 l'Acte de suprématie qui donne au roi autorité complète sur l'Église.
Il échappe à une première tentative d'assassinat en 1668, mais succombe à un groupe de Covenantaires le , à Magus Muir, entre Saint Andrews et Pitscottie.