Né Jan Gajek, le , dans une famille catholique de Łyszkowice en Pologne, il est diplômé d'une école locale et d'un collège.
En , il rejoint la congrégation des Marianistes polonais. Entre 1967 et 1974 il étudie à l'université catholique de Lublin. À la fin des années 1960, Jan Sergiusz Gajek s'est engagé dans des activités du clergé biélorusse exilé. Il a eu des contacts avec le centre culturel et religieux biélorusse de Londres, notamment avec l'évêque Ceslaus Sipovich et le père Robert Tamushanski. Le il est ordonné prêtre et sert pendant plusieurs années dans une paroisse de Głuchołazy.
