Sa carrière prend ensuite un tournant pour le pire alors qu'il ne frappe que pour, 201 de moyenne au bâton en 112 matchs joués en 2006. En 2007, sa moyenne ne s'élève qu'à, 175 en 71 parties jouées. Son contrat est acheté par les Padres de San Diego en septembre et il n'obtient aucun coup sûr en 3 matchs avec sa seconde équipe. Le [3], Lane joue ce qui sera pendant près de 7 ans son dernier match dans les majeures.
Ligues mineures et baseball indépendant
Lane joue en ligues mineures de 2008 à 2011 pour des clubs affiliés aux Yankees de New York, aux Red Sox de Boston, aux Blue Jays de Toronto et aux Marlins de la Floride, sans être capable de convaincre l'une de ces équipes de lui accorder une nouvelle chance au niveau majeur[4]. C'est alors qu'à l'approche de ses 35 ans, il choisit un changement drastique de carrière, et décide d'effectuer une transition de joueur de position vers celle de lanceur. En , il rejoint les Diamondbacks de l'Arizona, qui l'invitent à leur camp d'entraînement du printemps 2012 avant de l'assigner aux ligues mineures. Libéré en mai par la franchise, il tient bon et rejoint les Skeeters de Sugar Land, un club de baseball indépendant aligné en Atlantic League. Lane, qui n'a pas été lanceur à temps plein depuis l'université, s'avère l'as du personnel des lanceurs des Skeeters et est nommé joueur par excellence de cette ligue en 2012. De retour dans l'effectif en 2013, il quitte en cours d'année pour rejoindre un club-école des Padres de San Diego, qui le mettent sous contrat. Il termine 2013 au niveau Triple-A des ligues mineures avec les Padres de Tucson.
Retour dans les majeures comme lanceur
Le , Jason Lane est lanceur de relève pendant 3 manches et un tiers dans une défaite des Padres de San Diego face aux Pirates de Pittsburgh. Il n'accorde aucun point ni coup sûr à l'adversaire lors de cette sortie et enregistre 3 retraits sur des prises[5]. Il s'agit de son premier match dans les majeures depuis . Après deux sorties en relève en juin pour San Diego, Lane revient le , cette fois comme lanceur partant contre les Braves, à Atlanta. Il encaisse la défaite dans un revers de 2-0 des Padres malgré une brillante performance de 6 manches au monticule, où il n'accorde qu'un point[6]. À 37 ans et 219 jours, Jason Lane est le joueur le plus âgé à faire ses débuts comme lanceur partant dans les majeures depuis le premier départ de l'ex-releveurTroy Percival, âgé de 38 ans et 52 jours, pour les Cardinals de Saint-Louis le [7]. Il est aussi le lanceur partant à faire ses débuts le plus tardivement pour les Padres, battant facilement le record de Walter Silva, âgé de 32 ans et 94 jours à son premier départ dans les majeures, en 2009 avec San Diego[7]. Dans le match contre Atlanta, Lane récolte aussi son premier coup sûr depuis le avec Houston[7].