Durant sa carrière, Javier Bonilla fut tour à tour sous-directeur technique de la Direction Générale des Statistiques de 1964 à 1972, président de la Commission Nationale du Salaire Minimum de 1973 à 1976 et de 1982 à 1988, président de la Troisième Commission de Participation aux Bénéfices de 1984 à 1985, sous-secrétaire du Programme Éducatif de l'Éducation Publique de 1976 à 1977, sous-directeur général des Services Institutionnels de l'Institut Mexicain de la Sécurité Sociale de 1978 à 1982, sous-secrétaire du Ministère du Travail et de la Couverture Sociale de 1988 à 1995 et directeur général de la CONASUPO (Compagnie Nationale des Subsistances Populaires) de 1991 à 1995.
Après son mandat de ministre, il revint à sa profession initiale, devenant notamment associé du cabinet de conseil Javier Bonilla García et associés.
