Il fait ses études à l'université de Corte où il obtient une maîtrise de droit public. C'est à l'université qu'il acquiert sa formation politique, d'abord comme militant syndical, puis comme président du Conseil des étudiants corses (syndicat indépendantiste)[1].
En , il conduit une liste nationaliste à Porto-Vecchio et obtient 16% des voix. Il devient conseiller municipal de Porto-Vecchio. Il double son score à une cantonale partielle organisée en [1].
Il suscite, au sein de la famille nationaliste, le débat sur l'abandon de la violence et de la clandestinité. C'est d'ailleurs dans ce contexte qu'il rencontre en tête à tête Nicolas Sarkozy le [1],[3].
En 2004, il se présente aux élections cantonales de 2004 sur le canton de Porto-Vecchio. Il obtient 26,9% au 1ertour, il peut se maintenir au 2etour et obtient 46,3% battu par François-Marie Colonna-Césari (divers droite)[5].
En , il est interpellé à Paris dans le cadre de l'enquête sur la Société méditerranéenne de sécurité (SMS) et placé en garde à vue[7]. Il est condamné en à un an d'emprisonnement avec sursis[8]. Jean-Christophe Angelini conteste tout rôle de courroie de transmission dans le circuit du faux passeport. Il a toujours dénoncé un traquenard politique[9].
À l'élection territoriale corse de mars 2010, la liste qu'il conduit avec Gilles Simeoni obtient au premier tour le score de 18,40%; au second tour elle recueille 25,89% des voix, ce qui lui permet d'avoir 11 élus à l'Assemblée de Corse. Jean-Christophe Angelini est réélu conseiller territorial et est désigné président du groupe Femu a Corsica à l'Assemblée de Corse[11]. Au sein de l'Assemblée, il est membre de la commission du développement économique, de l'aménagement du territoire et de l'environnement[12].
En , il est élu conseiller général du canton de Porto-Vecchio, un des plus importants de Corse[5]. Cette victoire aux cantonales est obtenue sur Camille de Rocca Serra, député sortant, ancien maire de Porto-Vecchio, ex-président de l'Assemblée de Corse et leader d'une vieille lignée politique. Comme l'écrit le journal Le Monde: «c'est un tremblement de terre»[13]. Au sein du Conseil général, il est membre de la commission des finances, de celle des travaux publics et des transports et enfin de celle de l'environnement, du cadre de vie et de la culture[14].
Touché par le cumul de mandats (il est à la fois conseiller territorial, général et municipal), il démissionne de son mandat de conseiller municipal le [15].
La liste Pè a Corsica, sur laquelle il figure en troisième position, remporte la majorité à l'assemblée de Corse. Il ne peut pas siéger à l'assemblée à la suite de sa réélection au conseil exécutif.
En 2020, il est de nouveau candidat lors des élections municipales de Porto-Vecchio. Sa liste l'emporte au second tour et il est élu maire le [17]. Sa liste l'emporte dès le premier tour aux élections municipales de 2026 avec 50,6% des voix [18]. Le , il est réélu maire par le conseil municipal[19].
