Jean-Christophe Peaucelle est consul général adjoint à Jérusalem de 1992 à 1996, puis premier conseiller à Téhéran.
En 2000 il est nommé sous-directeur de la stratégie, de la communication et de l’évaluation à la direction générale de la coopération internationale et du développement au ministère des affaires étrangères.
Jean-Christophe Peaucelle est alors nommé, en remplacement de Roland Dubertrand, conseiller pour les affaires religieuses du ministère des affaires étrangères[2] et exerce successivement ses fonctions auprès de Laurent Fabius, Jean-Marc Ayrault et Jean-Yves Le Drian. À ce titre, il est membre de droit de l'Observatoire de la laïcité.