Ses parents sont Gaspard de Freyberg zu Altheim et Worndorf et Anne-Regina de Rechberg . À l'âge de dix ans, le , il est inscrit à l'Université de Dillingen. À partir de 1635, il étudie à l' Université d'Ingolstadt. En 1642, il est ordonné prêtre pour le diocèse d'Augsbourg.
Chanoine et Prince-prévôt
En 1630, il reçoit un canonicat à Augsbourg. La même année, il devient chanoine de la prévôté princière d'Ellwangen pour Jean-Adam Truchsess de Höfingen, qui démissionne en où il s'élève au cercle des douze capitulaires le . Auparavant chevalier de l'Empire, il se fait appeler baron de l'Empire à partir de 1644. En 1646, il est président de la cour du gouvernement de l’évêché de Dillingen. De 1641 à 1655, il est écolâtre de la prévôté princière d'Ellwangen puis doyen de la cathédrale d'Augsbourg, et à partir de 1660 prévôt de la cathérale . Pour sa famille, il achète Justingen.
Du jusqu'à sa démission le , il est prince prévôt d'Ellwangen. Sous son mandat, l'intérieur de la collégiale Saint-Guy est réaménagée dans le style baroque précoce de 1661 à 1662.
Prince-évêque
À partir de 1661, il est administrateur de la principauté épiscopale, puis du jusqu'à sa mort en 1690, il est prince-évêque d'Augsbourg; l'ordination épiscopale a lieu le réalisée par Kaspar Zeiler, évêque auxiliaire à Augsbourg, les co-consécrateurs sont Sebastian Denick, évêque auxiliaire à Ratisbonne, et Georg Sigismund Müller, évêque auxiliaire à Constance. Il met en œuvre les réformes de l'Église dans le sens du Concile de Trente. Il contribue également à la fondation de l'Institut d'Augsbourg de la Congrégation de Jésus en 1680.
De 1680 à 1690, il fait aménager les intérieurs du château fort de Füssen en style baroque. Le , il pose la première pierre de l'église de pèlerinage de Schönenberg. En 1687, il commande la construction de la chapelle du palais de l'évangéliste Saint-Jean dans l'aile nord du palais de Dillingen en style baroque; il y a ses armoiries sur le mur sud. En 1688/89, un bâtiment universitaire est construit sous ses ordres à Dillingen. Son tombeau se trouve dans la chapelle Wolfgang de la cathédrale d'Augsbourg, de style baroque.
Bibliographie
Karl Fik: Die Kanoniker und Kapitulare (Chorherrn) der fürstlichen Propstei Ellwangen (1460–1802). In: Ellwanger Jahrbuch. Bd. 22, 1967–1968, S. 74–97, insbes. S. 86 (Nr. 133).
Bruno Bushart: Die Basilika zum heiligen Vitus in Ellwangen. Kath. Stadtpfarramt, Ellwangen o. J.
Joachim Jahn: Freyberg und Eisenberg, Johann Christoph Frhr. von. In: Karl Bosl (éd.): Bosls bayerische Biographie. Pustet, Regensburg 1983, (ISBN3-7917-0792-2), S. 221
Walter Ansbacher: Das Bistum Augsburg in barockem Aufbruch. Kirchliche Erneuerung unter Fürstbischof Johann Christoph von Freyberg (1665–1690). Sankt Ulrich, Augsburg 2001, zugleich: Dissertation unter dem Titel: Johann Christoph von Freyberg (1665–1690), Reichsfürst und Reformbischof in tridentinischem Geist. Universität Augsburg, 1999.
Walter Ansbacher: Johann Christoph von Freyberg 1616–1690. Fürstbischof von Augsburg (1665–1690). In: Wolfgang Haberl (éd.), Lebensbilder aus dem Bayerischen Schwaben. Bd. 1. Anton H. Konrad, Weißenhorn 2004, S. 44–73.
Hans-Michael Körner (éd.), Bruno Jahn (Mitarb.): Große Bayerische Biographische Enzyklopädie. Bd. 1. Saur, München 2005, S. 565.