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Après des études d’économie à l’Université de Berne, il embrasse une carrière au service de la Confédération.
Dans le secteur du commerce, il a représenté la Suisse auprès de l’OMC. À l’Ambassade de Suisse à Washington, il a, par la suite, pris la tête du Service de l’économie et des finances, avant de se tourner vers la coopération au développement. Il a occupé le poste de directeur exécutif et de doyen au Conseil de la Banque mondiale (1993 – 1997).
En , Jean-Daniel Gerber est appelé à diriger l’Office fédéral des migrations.
Il préside le conseil d’administration de SIFEM (Swiss Investment Fund for Emerging Markets) de 2011 à 2018, de Swiss Sustainable Finance (SSF) de 2015 à 2021 et de la Société suisse d'utilité publique de 2011 à 2020.
Il est membre des conseils d'administration de Lonza Group AG de 2011 à 2018 et de Crédit Suisse de 2012 à 2015.
Il préside l'association «Réintégration dans le pays d'origine», dont le but est de permettre la réinsertion professionnelle des personnes sans papiers et des requérants d'asile qui rentrent chez eux.
Distinction
En 2008, l’Université de Berne lui a décerné le titre de Dr. h.c. Sa devise est « ut melius fiat » (en quête du meilleur).
